Starania o pozwolenie na budowę kościoła w Puławach trwały przeszło trzydzieści lat. Już w latach pięćdziesiątych, tuż po zakończeniu wojny, Ksiądz Zygmunt Adamczewski będąc proboszczem parafii p.w. Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny kupił plac położony między ul. Aleja Mała i Czartoryskich, z myślą o budowie kościoła. Plac ten został zabrany w latach późniejszych przez ówczesne władze państwowe
i przeznaczony pod budowę innych obiektów, które po dzień dzisiejszy są znakiem i dowodem na to,
jak to w ówczesnych czasach bezprawie było często stosowanym prawem.
Kiedy w latach sześćdziesiątych, w związku z budową Zakładów Azotowych, nastąpił gwałtowny napływ ludności do Puław i rozbudowa miasta – potrzeba budowy kościoła w tym mieście stała się jeszcze bardziej oczywista. Władze jednak konsekwentnie odmawiały pozwolenia. Dopiero 11 listopada 1980, na fali zbliżających się nieuniknionych przemian społeczno-politycznych, udzielono pozwolenia na rozpoczęcie prac przygotowawczych do budowy zespołu sakralnego i z czasem zatwierdzono jego program i powierzchnię. W sierpniu 1980 roku proboszczem parafii pw. Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny w Puławach został mianowany ks. Ryszard Gołda. Na nim więc spoczął ciężar prowadzenia tej budowy.
Zanim rozpoczęto budowę trzeba było pokonać jeszcze trzy progi:
- uzyskać decyzję o ustaleniu miejsca i warunków realizacji inwestycji (uzyskano 15 maja 1981r.)
- przekazanie w wieczyste użytkowanie działki przeznaczonej pod budowę(uzyskano 24 czerwca 1981r.)
- zatwierdzić dokumentację techniczno-architektoniczną i projekt zagospodarowania placu budowy (uzyskano 27 lutego 1982r.)
Wykopy pod fundament kościoła, plebanii i domu Sióstr rozpoczęto na wiosnę 1982 r. Parafię erygował bp Bolesław Pylak w dniu 15 czerwca 1985 r. Została wydzielona z par. Wniebowzięcia NMP w Puławach, a siedzibę wyznaczono przy nowo budowanym kościele Miłosierdzia Bożego.
W Adwencie 1985 roku jedno z pomieszczeń w dolnym kościele zostało na tyle przygotowane, że można było w nim sprawować liturgię. Do tej pory czyniono to w prowizorycznym pomieszczeniu wybudowanym na placu budowy jako pomieszczenie socjalne. 14 września 1990 roku parafia uzyskała tytuł własności działki, na której zlokalizowano zespół sakralny.
24 grudnia 1990 roku kościół został poświęcony przez Księdza Biskupa Ryszarda Karpińskiego.
W 1990 r. parafia stała się macierzystą dla nowego ośrodka pw. św. Brata Alberta. Jej granice były jeszcze trzykrotnie korygowane: dnia 11.03.1997 r. na korzyść par. Wniebowzięcia NMP oraz 8.04.1998 r., w ramach regulacji granic parafii puławskich dokonanej przez abpa Józefa Życińskiego,
ostatni raz w 2006r na korzyść parafii Wniebowzięcia NMP.
Pierwszym proboszczem i budowniczym kościoła mianowano ks. kan. Ryszarda Gołdę.
Posługę pełnił w latach 1985-2006. W latach 2006 –2010 proboszczem był ks. dr kan. Janusz Gzik.
Od 2010 – 2016 roku ks. kan. Andrzej Sternik.
W dniu 12 czerwca 2011 r. w Uroczystość Zesłania Ducha Świętego, na zakończenie Jubileuszu XXV –Lecia Parafii, ks. Biskup Mieczysław Cisło – Administrator Archidiecezji Lubelskiej dokonał konsekracji kościoła. Proboszczem w tym czasie był ks. kan. Andrzej Sternik. Od 2016 roku do dziś proboszczem parafii jest ks. kan. Krzysztof Krakowiak.